Alle Studieninteressierte müssen als Zulassung für die Aufnahmeprozedur einen Abschluss vorweisen, der in der Regel mindestens die Hochschulreife und in Ausnahmefällen die mittlere Schulreife ist. Nach Überprüfung des Lebenslaufs und des Motivationsschreibens werden die Bewerber zur schriftlichen und mündlichen Prüfung eingeladen. In der schriftlichen Prüfung werden drei elementare Bereiche abgefragt. Der größte Bereich wird von religiösen Fragen gefüllt, gefolgt vom Allgemeinwissen. Zuletzt werden in Form eines IQ-Tests die kognitiven Fähigkeiten des Bewerbers geprüft. Durch die mündliche Prüfung will das Prüfungskomitee die Eignung und Motivation des Bewerbers erörtern. Nach dieser Aufnahmeprozedur wird vom Prüfungskomitee ein Bescheid an die Bewerber versendet.
Die Regelstudienzeit in der Jamia Ahmadiyya beträgt 14 Semester. Dabei wird zwischen einem Grundstudium und einem Hauptstudium unterschieden. Das Grundstudium besteht aus vier Semestern und beinhaltet als Schwerpunkt Sprachen (Urdu, Deutsch, Arabisch, Englisch) und die Rezitation, sowie die Übersetzung des Heiligen Koran. Es soll ein Fundament geschaffen werden, das ein tiefgründiges und fundiertes Wissen des Islam ermöglicht. In den zehn Semestern des Hauptstudiums sind die Studenten diversen theologischen Thematiken konfrontiert, wobei sie sich mit verschiedenen Religionslehren und Weltansichten auseinandersetzen. Den Kern jedoch ist ein detailliertes und facettenreiches Studium des Islam, seiner Jurisprudenz, Theologie und Philosophie sowie die Exegese des Heiligen Koran.
Jedes Semester wird mit einer Prüfung im jeweiligen Studienfach beendet. Die Versetzung erfolgt in einem Jahreszyklus durch das Summieren der Resultate zweier Semester. Neben den Hausarbeiten in vielen Studienfächern findet im achten Semester die Themenvergabe der wissenschaftlichen Abschlussarbeit statt. Diese wird von zwei unabhängigen Dozenten anderer Jamiat, mit anschließendem Kolloquium durch ein internationales Prüfungskomitee, welches zudem auch das schriftliche Abschlussexamen abnimmt, geprüft.