Die Studien- sowie Prüfungsordnung ist weltweit gleich. Während des gesamten Studiums gilt Anwesenheitspflicht. Das Studium besteht aus einem Grundstudium, welches die ersten 4 Semester umfasst und das Hauptstudium, das aus den restlichen 10 Semestern besteht.
Jedes Semester wird mit einer Prüfung im jeweiligen Fach abgeschlossen, in der mindestens sechzig Prozent erreicht werden müssen. Für das Bestehen eines Faches ist es ausreichend wenn der Durschnitt eines über zwei Semester unterrichteten Faches über sechzig Prozent liegt. In der Jamia Ahmadiyya können die Module nicht zeitlich frei belegt werden, sondern müssen zu den vorgegebenen Semestern belegt und bestanden werden. Eine nicht bestandene Prüfung wird unmittelbar nachgeschrieben, wobei nur bis zu drei Fächer nicht bestanden werden dürfen, um durch das Nachschreibeverfahren noch zu bestehen. Mehr als drei nicht bestandene Fächer führen nicht zur Versetzung. In den theologischen Fächern müssen über das Jahr verteilt diverse Hausarbeiten und Projekte abgearbeitet werden.
Die Vorraussetzung für das Studium ist mindestens die Hochschulreife. In Ausnahmefällen werden auch Bewerber mit einem Mittleren Schulabschluss aufgenommen. Das Höchstalter eines Bewerbers sollte 19 Jahre betragen, jedoch gibt es bei Abiturienten Ausnahmen. Über die Eignung und das Alter der Interessenten, die sich außerhalb Deutschlands bewerben, entscheidet der Aufnahme-Ausschuss. Bezüglich Bewerber, die aus anderen Ländern eingereist sind und deren Aufenthaltsdauer in Deutschland noch weiniger als fünf Jahre beträgt, können Ausnahmereglungen vom Aufnahme-Ausschuss getroffen werden.